Akademi Keperawatan RS.Marthen Indey Jayapura merupakan Institusi pendidikan kesehatan yang berada di bawah naungan Yayasan Wahana Bhakti Karya Husada dan di bawah pembinaan LLDIKTI Wilayah XIV Papua & Papua Barat.
Akademi Keperawatan RS.Marthen Indey Jayapura berdiri sejak tanggal 02 Juni 2009 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI nomor : 69/D/O/2009 tentang pemberian ijin penyelenggaraan Program Studi Keperawatan Jenjang Diploma III dan pendirian Akademi Keperawatan RS.Marthen Indey di Jayapura.
Perpanjangan Ijin Program Studi Keperawatan Jenjang D-3 di Akademi Keperawatan RS.Marthen Indey berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI nomor 9753/D/T/K-XII/2011 tanggal 02 Desember 2011.
Terakreditasi berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor : 2143/SK/BAN-PT/Akred/IX/2016 tanggal 29 September 2016 tentang Status, Nilai, Peringkat dan masa berlaku hasil Akreditasi Program Diploma di Perguruan Tinggi dengan Nilai Akreditasi 240 (dua ratus empat puluh) peringkat C.
Terakreditasi berdasarkan Surat Keputusan LAMPTKes Nomor : 0182/LAM-PTKes/Akr/Dip/IV/2019 tanggal 27 April 2019 tentang Status, Nilai, dan Peringkat hasil Akreditasi Program Diploma di Perguruan Tinggi dengan Nilai Akreditasi 314 (tiga ratus empat belas) peringkat B.
AKPER RS. Marthen Indey diawali dengan berdirinya Program Khusus 2001-2003, kemudian pada tahun 2002 – 2008 menjadi Program D-III Keperawatan Kelas Filial Poltekes Jayapura.
Pada tahun 2009 sampai dengan sekarang menjadi Akademi Keperawatan RS. Marthen Indey Jayapura di bawah Yayasan Wahana Bhakti Karya Husada Perwakilan Daerah Papua.
Akademi Keperawatan RS. Marthen Indey memiliki kompetensi unggulan yaitu penanganan kegawatdaruratan, manajemen bencana, dan tata kerja kamar operasi.
Akademi Keperawatan RS.Marthen Indey Jayapura di persiapkan untuk menghasilkan tenaga kesehatan profesional pemula yang handal dalam rangka memenuhi kebutuhan Sumber Daya Manusia bidang kesehatan baik di masyarakat maupun di lingkungan TNI AD.